Točno u podne, 5. 7. 1997. godine Sveta stolica je obznanila odluku pape Ivana Pavla II. o ustanovljenju novih biskupija sa sjedištima u Požegi i Varaždinu.
Podijelivši teritorij Zagrebačke nadbiskupije, Sveti Otac je bulom Clarorum sanctorum utemeljio novu Varaždinsku biskupiju na sjeverozapadu Hrvatske te je za njezinog prvog biskupa imenovao mons. Marka Culeja, dotadašnjeg pomoćnog zagrebačkog biskupa.
Svečanost proglašenja Varaždinske biskupije i ustoličenja mons. Marka Culeja za prvog varaždinskog biskupa održana je 28. 9. 1997. godine u crkvi Uznesenja Blažene Djevice Marije na Nebo u Varaždinu, koja je osnutkom Biskupije postala katedralom.
Apostolska nuncijatura u Republici Hrvatskoj priopćila je da je u utorak 20. ožujka 2007. godine u 12,00 sati u Vatikanu objavljena vijest kako je papa Benedikt XVI. imenovao mons. Josipa Mrzljaka, dosadašnjeg zagrebačkog pomoćnog biskupa za novog varaždinskog biskupa.
Ustoličenje novoga varaždinskog biskupa mons. Mrzljaka bilo je u varaždinskoj katedrali u subotu 31. ožujka 2007. godine. Varaždinska biskupija zauzima prostor od 3.100 km2 na sjeverozapadu Hrvatske.
Na području biskupije u tri županije i to u Međimurskoj, Varaždinskoj i dijelom u Koprivničko-križevačkoj, živi oko 400.000 stanovnika, najvećim dijelom rimokatoličke vjeroispovijesti.
U područje Varaždinske biskupije pripadaju i 3 župe s područja Bjelovarskobilogorske, Krapinsko-zagorske i Virovitičko-podravske županije.
U trenutku osnivanja Biskupija je imala 97 župa i 9 dekanata, dok se danas sastoji od 3 arhiđakonata, 12 dekanata i 105 župa. Na sjednici Prezbiterskog vijeća održanoj 18. 6. 2001. godine za zaštitnika Varaždinske biskupije izabran je sveti Marko Križevčanin, hrvatski svetac, koji se slavi 7. rujna.
Za drugog zaštitnika je izabran blaženi Alojzije Stepinac, zagrebački nadbiskup i kardinal koji je nepravedno nakon montiranog sudskog procesa bio zatočen u zatvoru u Lepoglavi.
U Biskupskom ordinarijatu nalaze se službene prostorije varaždinskog biskupa i njegovih najbližih suradnika, a u Zagrebačkoj ulici 3 nalaze se pastoralni uredi, Biskupijska knjižnica i Svećenički dom za umirovljene svećenike.
Službeni početak proslave 20. godišnjice utemeljenja Biskupije je 3. srpnja 2017. godine na svečanoj svetoj misi zahvalnici u 19,00 sati u varaždinskoj katedrali, za 328. zavjetno hodočašće vjernika grada Varaždina Majci Božjoj Bistričkoj.
